養源院は豊臣秀吉の側室「淀殿」が父の浅井長政追善のため，1594（文禄３）年に政伯法印（長政の従弟）を開山として建立した寺で，長政の法号「養源院」を寺号としました。
養源院は建立されてまもなく火災にあったため，1621（元和７）年，淀殿の妹で徳川秀忠夫人の崇源院（お江）が伏見城の遺構を移して本堂を再建，以来，徳川家の菩提所となり，歴代将軍の位牌が祀られています。境内にはお市の供養塔もあります。
また，本堂の廊下上の天井は関ヶ原の戦い前に，徳川家康の命をうけて伏見城を死守した鳥居元忠以下の武士が自刃したときの廊下の板を天井に上げ，その霊を弔ったもので，俗に「血天井」として知られています。
本堂の杉戸・襖絵（重要文化財）は俵屋宗達の筆によるもので，杉戸には唐獅子・白象・麒麟等のが描かれています。
